Shivaji digantikan oleh putra sulungnya Sambhaji yang berusia 22 tahun. Namun, pengangkatannya didahului oleh perjuangan singkat namun tajam. Rajaram, saudara tirinya, didukung oleh ibunya Soyarabai dan sejumlah menteri Maratha termasuk Annaji Datto, Pant Sachiv dan Moropant.
Mereka sepenuhnya mengeksploitasi kelemahan moral Sambhaji dan pembelotannya ke Mughal selama masa hidup Shivaji. Terutama karena keberaniannya dia mampu menggulingkan Rajaram dan naik tahta. Dia menangani secara ketat para partisan Soyarabai tetapi dia tidak kejam seperti yang digambarkan oleh beberapa sejarawan. Dia memenjarakan Moropant tetapi menunjuk putranya Nilkanth sebagai Peshwa. Annaji Datto dibebaskan setelah beberapa saat dan diangkat menjadi menteri.
Segera setelah pengangkatannya, dia memperkuat benteng di dekat perbatasan. Ini adalah ukuran keberhasilan usahanya sampai penangkapan dan kematiannya pada tahun 1689, yang hanya dapat direbut oleh Mughal benteng di Balgana (distrik Nasik) yang lain di Konkan dan di dataran tinggi, selatan sungai Bhima tetap aman. Dia melanjutkan kebijakan luar negeri ayahnya dan memelihara hubungan persahabatan dengan Golkonda dan Bijapur.
Sambhaji melakukan serangan gencar terhadap harta benda Mughal. Dia memecat Burhanpur pada Januari 1681. Bahadur Khan, jenderal Mughal di Aurangabad melakukan upaya sia-sia untuk mengejar mereka.
Bahkan Aurangabad terancam dan tembok di sekitar kota harus dibangun sebagai tindakan pencegahan. Sementara itu, putra pemberontak Aurangzeb, Akbar, mencari perlindungan dengan Sambhaji yang dengan senang hati setuju untuk memberinya perlindungan.
Sebuah konspirasi dicetuskan pada Juli 1681 oleh unsur-unsur yang tidak puas termasuk Soyarabai, Annaji dan lainnya yang telah diampuni Sambhaji dengan murah hati atas kesalahan mereka sebelumnya, untuk membunuhnya dan mengangkat Rajaram ke tahta. Para konspirator bahkan berusaha mendapatkan persetujuan Akbar. Sambhaji, bagaimanapun, mengetahuinya dengan baik pada waktunya dan memberikan hukuman yang patut dicontoh kepada para konspirator.
Sementara itu Aurangzeb tiba sendiri di Burhanpur untuk menghancurkan Sambhaji. Pemimpin Maratha membuat pengaturan yang memadai untuk bertemu dengan Kaisar Mughal. Prime Azam menginvestasikan benteng Salher di Baglana tetapi tidak dapat merebutnya, meskipun telah berulang kali dicoba. Dia sekarang melakukan penyuapan dan berhasil merayu komandan Maratha dari Salher yang menyerahkan benteng tersebut.
Mughal mengepung Ramsej dekat Nasik. Komandan Maratha bertempur dengan gagah berani dan meskipun ada pergantian jenderal, benteng tersebut tidak dapat direbut. Akan tetapi, Mughal berhasil merebut Kalayan (November 1682). Namun upaya mereka untuk merebut Konkan berakhir dengan kegagalan. Pada Juni 1683 Aurangzeb memanggil kembali pangeran Azam ke Aurangabad. Jenderal Diler meninggal pada bulan September 1683.
Sambhaji memanfaatkan jeda ini untuk menghukum Portugis yang telah membantu Mughal dengan perbekalan selama pengepungan Kalayan. Pada April 1683 Sambhaji berbaris melawan mereka dan menghancurkan seluruh negeri antara Daman dan Basseim. Dia mengalahkan mereka dalam sejumlah pertempuran dan jika Pangeran Muazzam tiba di Konkan, dia akan merebut Goa.
Menurut Sir Jadunath Sarkar, “kampanye Mughal sangat sukses. Mereka merebut banyak benteng dan prestasi mereka adalah menangkap dua istri, satu putri dan tiga budak perempuan Sambhaji yang dikurung di benteng Bahadur Garh pada Juli 1684. Seorang istri dan saudara perempuan raja Maratha telah ditangkap sebelumnya oleh Diler Khan dan bersarang di Ahmadnagar”.
Dia mengaitkan kegagalan Maratha karena memanjakan Sambhaji dalam anggur dan wanita dan ketidakaktifan setelah kemenangannya melawan Portugis. Setu Madhava Rao dalam ceramahnya tentang “Hubungan Maratha Mughal” membantah pernyataan ini dan menegaskan bahwa wanita yang ditangkap oleh Mughal di Bahadurgarh tidak lain adalah mereka yang ditahan oleh Aurangzeb ketika Sambhaji diizinkan kembali ke tanah airnya.
Setu Madhava Rao mengutip otoritas kontemporer untuk membuktikan pendapatnya bahwa Sambhaji berjuang dengan gagah berani melawan rintangan yang berat dan kegagalannya disebabkan oleh demoralisasi dan desersi para watandar yang telah disuap secara besar-besaran. Mughal merebut Karwar pada Februari 1685. Sambhaji, dengan sumber dayanya yang terbatas, harus bertarung dengan banyak saingan — Mughal, Portugis, dan Siddi dari Janjir dan bahkan untuk menjaga netralitas Inggris.
Jadi Sambhaji ditekan dengan keras dari semua sisi. Mughal telah menduduki Poonamallee dekat Madras dan mengepung Ponhala dan Raigarh yang tak tertembus. Alih-alih berlindung di tempat surat, Sambhaji berangkat ke Sangameshwar atas saran menteri favoritnya, Kalasha.
Dia mulai bersenang-senang. Dia dikejutkan oleh Syekh Nizam, ditangkap dan diproduksi sebelum Aurangzeb (Desember 1688). Dia ditahan selama beberapa hari dan dieksekusi dengan cara yang paling keji. Anggota tubuhnya dipotong satu per satu dan dagingnya dibuang ke anjing.