Agarosa dan Poliakrilamida – Tabel Perbedaan mereka yang mendasar

Elektroforesis adalah salah satu alat yang paling banyak digunakan dalam biologi molekuler. Ini digunakan untuk memisahkan asam nukleat. Elektroporasi adalah proses pemisahan asam nukleat berdasarkan ukurannya.

Dalam elektroforesis, gel digunakan. Sumur dibuat dalam gel di mana sampel asam nukleat dimuat.

Arus listrik dilewatkan dan berdasarkan ukuran asam nukleat bergerak dalam gel. Ini membantu untuk mengukur, memisahkan, dan memurnikan asam nukleat.

Agarosa berbeda dengan Poliakrilamida:

Perbedaan antara Agarose dan poliakrilamida adalah agarosa digunakan untuk memisahkan fragmen DNA yang besar tetapi gel poliakrilamida digunakan untuk memisahkan protein yang lebih pendek dan fragmen asam nukleat. Agarosa dituangkan secara horizontal sedangkan poliakrilamida dituangkan secara vertikal. Agarosa dapat dipanaskan dan dituang secara horizontal tetapi mudah pecah sehingga harus ditangani dengan hati-hati.

Gel agarose paling sering digunakan untuk menjalankan elektroforesis. Karena membantu memisahkan asam nukleat berdasarkan ukurannya, ia digunakan untuk mengidentifikasi sampel DNA atau RNA yang tidak diketahui.

Di sini, tangga dengan ukuran yang diketahui digunakan dan pita nukleat yang tidak diketahui dibandingkan dengan tangga dan ukurannya diidentifikasi.

Elektroforesis gel poliakrilamida disebut PAGE. Ini biasanya digunakan untuk memisahkan protein berdasarkan ukurannya.

Elektroforesis ini bekerja berdasarkan prinsip bahwa sampel protein atau asam nukleat bermuatan bermigrasi melalui gel ketika medan listrik disediakan. Karena mobilitas molekul biologis berubah tergantung pada ukuran dan muatan.

Sampel yang digunakan harus diperlakukan untuk mencapai muatan yang seragam sehingga mobilitas pada dasarnya bergantung pada ukurannya.

Tabel perbandingan:

Pengertian Agarosa?:

Agarose adalah biomolekul yang digunakan untuk membuat gel yang merupakan matriks tiga dimensi dengan pori dan saluran. Matriks tiga dimensi disatukan oleh ikatan hidrogen.

Karena adanya ikatan hidrogen, struktur matriks dapat dengan mudah didenaturasi dengan pemanasan. Biomolekul sampel bergerak melalui pori-pori.

Suhu leleh agar-agar adalah 85-95 derajat Celcius dan suhu pembentuk gel adalah 35-42 derajat Celcius. Gel agarosa dibuat dengan mencampurkan agarosa dengan air dan melelehkannya.

Kemudian dituangkan secara horizontal pada cetakan di mana sisir ditempatkan. Agarose kemudian mendingin dan membentuk gel. Sisir meninggalkan sumur tempat sampel dapat dimuat.

Gel agarose dengan konsentrasi rendah cenderung pecah. Jadi, penanganannya harus hati-hati. Agarosa dapat digunakan untuk memisahkan DNA dan RNA. Pori-pori pada gel agarosa jauh lebih besar untuk dimasuki bakteriofag.

Agarosa adalah polimer dengan gugus piruvat dan sulfat. Karena kelompok-kelompok ini bermuatan negatif, hal itu menyebabkan aliran air berlawanan arah dengan pergerakan DNA.

Pewarna etidium bromida digunakan untuk mewarnai DNA yang mengubah ukuran dan muatan sampel. Larutan penyangga dituangkan ke dalam penyetelan dan arus dilewatkan yang menyebabkan sampel bergerak melalui gel agarosa dan membentuk pita.

Pengertian Poliakrilamida?:

Poliakrilamida adalah polimer linier sintetik yang terdiri dari akrilamida dan asam akrilat. Polyacrylamide menyerap air secara aktif dan membentuk gel yang lembut. Ini adalah salah satu gel yang digunakan dalam elektroforesis.

Protein dan asam nukleat dapat diukur dalam gel poliakrilamida berdasarkan mobilitas elektroforesisnya.

Gel poliakrilamida yang dibuat dengan hidrasi akrilamida bagus karena ukuran pori dapat diatur tergantung pada hidrasi. Gel dengan ukuran pori kecil efektif dalam pemeriksaan molekul berukuran lebih kecil.

Molekul yang lebih besar tidak dapat bergerak melalui pori-pori kecil dan terperangkap sementara molekul yang lebih kecil dengan mudah bergerak melalui pori-pori dan membentuk pita.

Gel poliakrilamida paling terkenal digunakan dalam percobaan SDS PAGE. SDS PAGE mengembang saat elektroforesis gel Sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide. Ini digunakan untuk memisahkan sampel protein berdasarkan ukurannya.

Sodium dodecyl sulfate adalah deterjen dan mengikat molekul protein. Saat berikatan dengan protein, deterjen ini menghancurkan struktur sekunder dan tersier protein dan membuatnya menjadi rantai polipeptida linier.

Polipeptida linier ini bermuatan negatif dan bergerak menuju anoda ketika mengalami medan listrik. Di sini jarak yang ditempuh molekul berbanding terbalik dengan log berat molekul.

Ini juga digunakan untuk memeriksa sampel asam nukleat dengan berat molekul rendah.

Perbedaan Utama Antara Agarosa dan Poliakrilamida:

1. Agarosa tidak beracun dan banyak digunakan, tetapi poliakrilamida dianggap agak beracun dan perlu ditangani dengan hati-hati
2. Agarose kompleks dan terdiri dari campuran banyak bahan kimia sedangkan poliakrilamida hanya terdiri dari satu jenis molekul.
3. Gel agarosa memiliki pori-pori yang lebih lebar sedangkan poliakrilamida memiliki pori-pori yang relatif lebih kecil.
4. Agarosa sebagian besar digunakan dalam elektroforesis asam nukleat, tetapi poliakrilamida digunakan dalam SDS PAGE.
5. Gel agarosa dibuat dengan cara menuangkan agar yang telah dilelehkan dalam posisi horizontal sedangkan poliakrilamida dituangkan dalam posisi vertikal.
6. Agarosa yang tidak digunakan dapat dilebur dan dituang kembali tetapi poliakrilamida tidak dapat digunakan kembali.
7. Etidium bromida adalah pewarna yang paling umum digunakan untuk Agarosa tetapi, untuk poliakrilamida, biru bromofenol paling banyak digunakan.

Referensi:

1. https://analyticalsciencejournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/elps.200900052
2. https://books.google.com/books?hl=id&lr=&id=gcqgDwAAQBAJ&oi=fnd&pg=PA3&dq=agarose+and+polyacrylamide&ots=Ogv5EA2634&sig=G6o6XdHg-xSybJlVa-0Csq_tC7g

Saya telah berusaha keras menulis posting blog ini untuk memberikan nilai kepada Anda. Ini akan sangat membantu saya, jika Anda mempertimbangkan untuk membagikannya di media sosial atau dengan teman/keluarga Anda. BERBAGI ADALAH ♥️